相较原皇岗口岸联检大楼的平铺模式，「垂直叠加」的皇岗口岸联检大楼用地面积仅8.75万平方米，总建筑面积却达到68.9万平方米，分别是老联检楼的约二分之一和25.2倍。

皇岗口岸联检大楼地上5层、地下4层。一层查验出境车辆，三层查验入境车辆，四层五层是旅客出入境大厅。地下二层未来可直通5条轨道线路──深圳地铁7号线、香港地铁北环支线、穗莞深城际（前海─皇岗口岸段）、深广中轴城际及深圳地铁20号线。旅客下了地铁，几步路就能进入通关大厅，实现无缝对接。

大楼上方走人、中间过车、下方接驳地铁，为了解决多振源叠加的问题，项目在全国首次将隔振技术嵌入口岸综合交通枢纽。项目承建方中建科工集团有限公司项目工程师宝启昌表示，在皇岗口岸联检大楼建设中，项目团队对于大巴等车辆通行区域创新应用了弹簧减振基座隔振工艺。相当于在车跑道下铺设了一层巨大的「弹簧床垫」，车辆通行带来的振动被有效吸收。经科学验证，相邻楼层振动敏感区域的Z振级降幅达96.8%。未来，皇岗口岸将连接深圳湾超级总部基地、光明科学城、深圳宝安国际机场等重点地区，串联整个广深港科技走廊，形成「半小时科研圈」「一小时产业圈」。\大公报记者石华、实习记者黄穗