香港回归祖国以后，公众对特区政府运作和政策制定有更高期望。董建华上任后除提出增建房屋，发展资讯科技及中医药等，更在第二届特区政府施政期间，落实「主要官员问责制」，提升政府施政质素。

这个被惯常称为「高官问责」的方案前前后后酝酿了很长时间。早在2000年，董建华发表第四份施政报告时，首次正式回应社会对加强官员问责的诉求。他说，司局级主要官员在制定和执行政策中担当重要角色，与其他公务员不同。需要研究在行政长官领导下，如何加强有关主要官员的责任；2001年，在第五份施政报告中，董建华披露了加强高官问责的初步构想，包括在特区政府高层架构引入一套新的主要官员聘用制度，适用于三位司长和大部分的政策局局长，他们由行政长官提名，报请中央任命，行政长官亦可提出建议，由中央政府免除他们的职务等。

施政优先次序更明确

2002年4月17日，董建华在立法会介绍高官问责制的主要内容，正式提出将原属公务员职系的司长和局长，改以合约方式聘任，全部列入「问责制」范围，须为过失负政治责任，打破传统官僚各自为政的壁垒，加强他们在特区治理中的责任及承担。他明确表示，「推行『问责制』，是要使到特区政府的主要官员，能够为他们的施政承担起责任；使到特区政府的领导层理念一致，方向明确；民情在心，民意在握，同广大市民、立法会、社会各界团体有密切的联系和沟通；使到施政的优先次序更明确，政策更加全面协调，为市民和社会提供更优质的公共服务。」

2003年，香港爆发沙士疫情，经济受到严峻打击，董建华在施政报告中宣布，决定与问责官员、行政会议非官守成员、特首办主任及中央政策组首席顾问减薪一成。董建华当时说，公务员和政府就减薪方案达成共识绝不容易，这反映出公务员采取负责任和积极态度，协助政府解决财赤问题，也同时体现公务员和政府之间良好的伙伴关系。