香港是全球首个发生禽流感感染人类并导致人类死亡的地区。1997年至2003年，香港共爆发了5次禽流感，23人染病，7人死亡，引起公众的极度恐慌，禽流感病毒蔓延下，政府先后4次合共销毁了300多万只家禽，向业界提供超过2亿元的补偿和特惠津贴。遏制禽流感的爆发成为回归后董建华政府面对的一大挑战。

董建华高度重视禽流感，处处显示诚意和承担去解决问题。他曾表示政府要确保市民的健康，短期来讲要尽快销毁鸡只清洁干净，研究根源究竟发生在哪里，长远来讲要找出一个彻底解决问题的办法，包括中央屠宰制度。

2003年春天，严重急性呼吸系统综合症（沙士，SARS）突袭香港，令1750多人受感染，更夺去近300条宝贵的生命。董建华多次与国家和广东省卫生部门官员会面，商讨加强传染病的信息通报机制；果断引用《检疫及防疫条例》，宣布一系列措施，阻止传染病扩散；多个政府部门携手进行全港清洁大行动，以在社区层面控制病毒传播；全港大中小学、幼稚园亦宣布停课。

2003年6月24日令董建华难以忘怀，因为在那一天，世界卫生组织宣布，香港没有SARS了。「（沙士期间）是我做特首的过程中，最难过的一段时间。」