爱知·名古屋亚运会开幕前，住宿风波已引发争议。韩国、印度、泰国等国代表队公开吐槽，就连东道主日本代表团也未能幸免。

本届赛事由于不设置传统意义上的运动员村，参赛人员被分散安置在邮轮、集装箱改建的宿舍和酒店。最早引爆争议的是位于名古屋花园码头集装箱改建的宿舍。9月11日，韩国男篮球员边俊亨在社交媒体上传影片，画面中洗手盆下方不断漏水，卫生间地面积水，并配文「请帮帮我们」。韩国篮协副会长郑在勇随后指出，35平方米的单元里摆了四张床，单人床仅长1.95米，「身高超过两米的运动员甚至无法伸直腿，这很不合理」。他直言这是「有史以来最差的一次」。韩国男篮已于16日集体搬至名古屋市内的酒店。

邮轮住宿最为混乱。多个代表团获安排至停靠于名古屋港的邮轮「歌诗达赛琳娜号」（Costa Serena）住宿。印度综合格斗运动员桑亚尔16日抵达邮轮，登记时却被告知找不到他的信息，等待约10小时后，他才入住一间双人房。就在他入睡仅30分钟后，另外两名印度运动员也住进同一间房，双人房变三人间。印度代表团团长亚达夫批评主办方管理不善，并指「日本很好」的形象现在已经完全崩塌。泰国藤球队所有人员也因主办方未录入运动员信息而无法办理入住，滞留邮轮登船大堂等待长达24小时。其间，部分队员因过于疲惫，直接躺地板休息。中国香港乒乓球运动员杜凯琹被安排入住邮轮房，她拍片分享登船过程，一看到房间也吐槽房间太小，双人房行李箱摊开后连走路的地方都没有。

日本代表团副团长水鸟寿思18日证实，邮轮住宿出现男女运动员被分配至同一房间、选手与教练同住等混乱情况。他指出，组委会仅按人数机械分配，完全忽略性别组合。不过，日本奥委会（JOC）已预估到住宿可能出现问题，提前在名古屋市内预订了酒店客房作为后备。此举引发舆论质疑，批评东道主「双重标准」。