重建后的皇岗口岸，已不再是单纯的「过关通道」，而是一座嵌进大湾区轨道网的超级换乘站。最先兑现的是深圳地铁7号线，联检大楼B2层直接接驳7号线皇岗口岸站，旅客出站即可直达通关区域，无需出地面；在香港一侧，北环线支线已于今年9月刊宪，从新田站延伸约六公里地下铁路，设洲头、河套及新皇岗口岸三个新站，目标2034年或之前与主线同步开通。届时往来新田和新皇岗口岸仅需约11分钟。

深圳方向的城际轨道也在加速织网。今年7月底，穗莞深城际铁路全线贯通，广州白云机场与深圳宝安机场实现最快约90分钟轨道直达。而穗莞深城际机前段（深圳机场至前海）预计2026年底通车，前皇段（前海至皇岗口岸）仍在建设中。

未来前皇段建成后，动车将从皇岗口岸直达前海，并经机前段连通深圳机场方向，进而串联广州、东莞，实现广莞深三地城际「公交化」出行。

新口岸现已连通深圳地铁7号线皇岗口岸站，实现与南山、罗湖联系。预留了远期与穗莞深城际线、深圳20号线、中轴城际线、香港北环支线接驳接口，共汇集5条轨道线路，深港之间的通勤与往来，正在被重新定义为一种轨道上的日常。