2024年8月30日，自然资源部南海发展研究院联合多家单位共同编制的《仙宾礁珊瑚礁生态系统调查报告》（下称《报告》）发布。《报告》基于卫星遥感和现场调查数据，首次全面系统评估了仙宾礁珊瑚礁生态系统状况，科学准确分析了仙宾礁沙洲的发育形成过程及其影响。《报告》显示，中国仙宾礁珊瑚礁生态系统处于总体健康的状态，表明菲律宾炮制的所谓中国在仙宾礁人工堆积珊瑚碎屑导致该区域珊瑚大量白化死亡等言论，毫无科学和事实依据。

调查发现，在仙宾礁海域有较多船舶活动，特别是在潟湖内有相当数量未经许可进入的菲律宾船舶聚集活动，这些船舶的锚泊与捕捞活动可能影响到该区域珊瑚的正常生长。一段由科研团队提供的仙宾礁海底科考视频显示，科研人员在仙宾礁潜水的过程中发现部分贴有菲律宾文的废弃包装物，此外还发现一些缠绕在珊瑚之上的破旧渔网以及废弃人工金属物。这表明除了敌害生物、肉质大型藻类之外，仙宾礁局部区域的珊瑚生长还面临人类活动的影响。

参与调查的专家表示，调查期间，中方调查编队遭遇菲方监视干扰。有南海问题专家指出，菲律宾在仙宾礁的挑衅活动得到了美国支持，但菲方不应错误地认为，在华盛顿支持下就可以公然挑战中国的红线。